またまた自分用メモ。こういうの覚えるの苦手だし、いちいち検索するのもナニなので。
TeX Live アップデート
sudo tlmgr update --self --all
Mac OSX の homebrew のアップデート
brew update brew upgrade brew file cask_upgrade -C
Mac OSX anaconda のアップデート（最初から全部 homebrew で入れれば良かった）
conda update conda conda update anaconda
Ubuntu の apt アップデート
sudo apt-get update sudo apt-get upgrade
これまで自宅の Mac では TeXShop を使っていたが、大学院に置いてある Linux と同じように使えたほうが良いかなと思って、Emacs + YaTeX に移行してみる。
ちなみに OSX El Capitan（Version 10.11.6）へ導入したときのメモ。自分のための備忘録なので、例によって自分にとって必要なことしか書いてません。
インストール自体は homebrew で簡単。後の作業のために MELPA を使えるようにしておく。~/.emacs.d/init.d に次の記述を追加した。
(require 'package)
(add-to-list 'package-archives '("melpa" . "http://melpa.milkbox.net/packages/"))
(add-to-list 'package-archives '("marmalade" . "http://marmalade-repo.org/packages/"))
(package-initialize)
TeXShop の導入時に既に MacTeX は導入済みなので、homebrew で Ghostscript のみインストールした。
MELPA を使ってインストールした。~/.emacs.d/init.d への追記内容は下記サイトの記述に倣った。
（参考）さりんじゃーのプログラミング日記「MacでTeX環境の構築」
http://salinger.github.io/blog/2013/02/04/1/
テストしたところ Emacs の環境にシェルの環境変数が引き継がれておらず、platex が見つからなくなっていたため、MELPA で exec-path-from-shell をインストールし、~/.emacs.d/init.d に次の記述を追加した。
(exec-path-from-shell-initialize)
（参考）「EmacsでPATHの設定が引き継がれない問題をエレガントに解決する」
http://qiita.com/catatsuy/items/3dda714f4c60c435bb25
とりあえず今日のところは、簡単なテスト文書のコンパイルと PDF ファイルの表示はできたので OK とする。あとは実際の論文のファイルを使って他の機能が問題ないかどうかテストする。
（2017.3.22 追記）
Emacs で TeX のファイルを編集していたら、「\」（バックスラッシュ）を入力できないことに気づいた（TeXShop ではアプリケーション側の設定でこの問題を解決していた）。他のアプリでは Option + ¥ で入力できるが、Emacs だとこれができない。これまた先人の知恵のおかげで、~/.emacs.d/init.el に次の行を追記することで解決した。
(define-key global-map [?¥] [?\\]) ;; ¥の代わりにバックスラッシュを入力する
（参考）[Emacs] MacOSでEmacsを使うときは、バックスラッシュにご注意
http://qiita.com/aKenjiKato/items/4ac7d9b100bdce0b8920
ソコソコの頻度で使う割には、なかなか頭に入らないけど CheatSheet に載ってない操作方法のメモ（必要に応じて随時更新）。
C-x Enter f [unix | dos | mac]
C-x C-0 [+ | 0 | -]
M-x browse-url-at-point （自分は C-c u に設定）
処理能力が落ちてしまって一旦お蔵入りにしていた古い MacBookPro を、論文書き用と割りきって必要最低限の構成でインストールしなおして、研究室に置いて使っていたが、いよいよ OS のアップデートを躊躇するような状況になってきた。
OS をアップデートしないのはセキュリティ上よくない（他人に迷惑をかける可能性もある）し、論文書きを LaTeX で、データ処理とグラフ作成を Python + pandas + MatPlotLib で行うようになってきたので、この際 Linux にしたほうが合理的なのではないかと考えた。
一応 OSX の環境も残せるに越したことはないので、OSX と Ubuntu のデュアルブートにしようと思ったが、ディスクに何らかのエラーがあるようで、Mac のディスクユーティリティでパーティションを切れない（かつエラーも修復できない）。どうせ HDD に問題があるなら、と思い切って OSX を消して Ubuntsu 専用機にした。
ちなみに Mac の仕様は次の通り。
動作確認も兼ねて、年明け以降の 3 日間はできるだけ（twitter や Facebook なんかも含めて）メインの Mac を使わずに Linux だけで生活してみたが、概ね問題なさそう。今のところちょっと残念なのは次の 2 点くらい。
前者については Linux 対応アプリが無いので止むを得ない。今までが便利すぎたと割りきるしか無い。
後者については、とりあえず紙を貼ってトラックパッドの有効面積を狭くしてみた (^_^; 。いまいちスマートじゃないし、これでも完全に解決できたわけではないが、無いよりマシ。
きっと Mac では OS（というかドライバ？）の方で、ハードウェアの感度が高くても使いにくくならないように、うまくチューニングしてたのだと思う。Apple ってこういうところを真面目に作りこんでるんだな、と改めて感心した。
でも全体的に動きは軽くなったし、起動もシャットダウンも速くなったので、これら 2 つのデメリットを上回るメリットを感じている。
備忘も兼ねて、今回実施した作業をまとめると次の通り。例によって先人の知恵を全面的にお借りして、無事に作業完了。
以下、今回の作業で活用させていただいた先人の知恵（おおむね参照順）。こうして見ると、いかにキーマッピングでハマったかが分かる (^_^; 。
OS X El CapitanとUbuntu 16.04 LTSのデュアルブート環境を構築する
http://ottan.xyz/el-capitan-ubuntu-dual-boot-4020/
El capitanにrEFIndを導入するとき – Qiita
http://qiita.com/yuki_bg/items/61ecf0b8a2d84823c365
MacBookでUbuntuを使うためにしたことまとめ – Qiita
http://qiita.com/shima_529/items/43ef699215f9cec48fd2
UbuntuのmozcでUSキーボード入力/JISキーボード入力を簡単に切り替える方法
http://qiita.com/AnchorBlues/items/beeb40593fd4c579dbe5
Qiita： MacでUbuntuを快適に使う
http://qiita.com/RyoheiMorimoto/items/a82369a83c100a646cce
Qiita： ubuntuで日本語入力を行う
http://qiita.com/shishamo_dev/items/238f6e5060fb838827f6
UbuntuでMacのキーボードを使う時の設定
http://qiita.com/DeliciousBar/items/4db21c3d66dc65f9e78b
Dropbox を Linuxサーバでも使うときにやるべき設定
http://qiita.com/yudoufu/items/163f9c9b6b9fa2f4bf9e
Ubuntu 16.04LTS にLaTeX をインストール
http://qiita.com/seki0913/items/fe9a50ea11c716d76514
Qiita： モダンな日本語 TeX 環境を整える
http://qiita.com/ynakayama/items/706ae9e59c1b6fd3e3d2
Ubuntuで端末からスクリーンショットを撮る方法まとめ
http://qiita.com/yas-nyan/items/80f2db8c4bdf4c8e87b8
keisukeのブログ【matplotlib】日本語の設定
http://kaisk.hatenadiary.com/entry/2015/02/15/215831
（2017.1.9 追記）
大学院のネットワークに接続したらアップデートで「ハッシュサムが適合しません」というエラーが連発して、アップデートができなくなったが、これまた先人の知恵を借りて速攻解決 (^_^) 。
「Ubuntuのapt-get updateで「ハッシュサムが適合しません」と出た時の対処法」
http://www.nemotos.net/?p=1428
データ分析に Python が使えるときっと楽だよなー、と思い立って入れてみた時のメモなので、自分の用途のために必要な最低限のことしかやってません。
IPython をインストールしようと思っても公式サイト（https://ipython.org/ ）に行ったら、Anaconda パッケージのインストールを強く推奨すると書かれていたので、素直に Anaconda パッケージ（4.2.0 for OSX / Python 3.5 version）をインストールした。
Pandas とか MatPlotLib とか個別にインストールしないといけないのかと思っていたら、Anaconda に全部入ってた (^_^) 。若干拍子抜け。
下の参考書（オライリーのやつ）を見ながらグラフの作成ができるようになったところで、グラフを画像ファイルに保存したところ、グラフの中に書き込んだ日本語の注記が表示されてないことに気づいた。Web で調べたところ MatPlotLib に日本語フォントが無いのが原因 (^_^; ということだったので、下記サイトを参考にして IPA 日本語フォントをインストールした。
http://kaisk.hatenadiary.com/entry/2015/02/15/215831
この問題について説明されているサイトはいくつもあったが、上記サイトが自分にとって最も直接的な答えをくれた。とてもありがたい。keisuke さん、ありがとうございました。
ちなみに私が使用したフォントの名称は「IPAPGothic」。
IPA フォントの入手先はこちら。 http://ipafont.ipa.go.jp/old/ipafont/download.html
とりあえず手っ取り早く理解して使えるようになるために、とても役立った本（いずれも Kindle Unlimited で購入も手っ取り早く (^_^; ）
データ解析について詳しく勉強するための本