結局こちらのサイトに載っている方法を採用 (^_^) 。
Atom で LaTeX on Windows (+ 最近のビルド環境)
http://ichiro-maruta.blogspot.jp/2016/01/atom-latex-on-windows.html
なお、このサイトではカレントディレクトリで Terminal を起動する方法として、Atom に「atom-terminal パッケージをインストールする方法が紹介されているので、これも採用 (^_^) 。ただしパッケージの設定で「Surpress Directory Argument」のチェックをオフにしないと、Terminal がホームディレクトリで起動してしまう。これに気づくまで少々ハマった。
この方法だと、TeX のソースファイルが置いてあるディレクトリで「latexmk -pvc (filename)」を一旦実行すれば、ファイルに修正を加えて保存するたびに、自動的にコンパイルが走って PDF ファイルが更新される。しかも Skim を使えば PDF の表示も自動的に更新される。これは便利 (^_^) 。
ちなみに .bib ファイルを別のディレクトリにまとめて置いてあるので、PATH の設定はこちらに載っている方法に倣った。
LaTeXのsty, bst, bibファイルなどを単一フォルダで管理する方法
http://ochiailab.blogspot.jp/2013/01/latexsty-bst-bib.html